審計部查核發現，財政部國有財產署(簡稱國產署)辦理國有非公用土地設定地上權開發案件，未參採民法有關負擔不動產物權移轉、設定或變更義務為標的之契約，應作成公證書之規定，經促請國產署檢討改善，該署已修正「國有非公用土地設定地上權作業要點」部分條文及制式契約，規定設定地上權契約應辦理公證等事宜。
行政院於民國(下同)98年10月8日宣示500坪以上之國有土地不出售政策，財政部為加強開發利用國有非公用土地，辦理設定地上權作業，於99年1月7日訂定「國有非公用土地設定地上權作業要點」，作為國產署暨所屬辦理該項作業之依據。經統計該署99年1月至105年6月底止經管土地以設定地上權方式提供民間開發，共決標77宗，開發土地總面積約21.14公頃，決標權利金約395億7,051萬餘元，有助於減輕政府財政負擔，及強化國有土地之運用效益。惟審計部於103年間查核發現，上開要點原僅規定執行機關於完成開標後，應訂期通知得標人會同簽訂地上權契約及申辦設定地上權登記等，未參採民法第166條之1第1項負擔不動產物權移轉、設定或變更義務為標的之契約，應由公證人作成公證書之規定，致無法藉由公證法第13條及第81條之強制執行規定，維護國產權益，日後如遇有地上權人欠繳地租等違約情事，須以訴訟方式處理，不僅曠日費時，亦容易衍生誤解及民怨，經通知該署研謀改善。
經審計部追蹤改善結果，財政部(國產署)已於105年9月22日修正「國有非公用土地設定地上權作業要點」，參採公證法有關強制執行規定，修正設定地上權契約應辦理公證等相關事宜，另同時據以修正該署制式「國有非公用土地設定地上權契約書」及「國有非公用土地無償委託管理契約書」有關內容，以加強此類案件之履約管理，確保契約雙方之權益並減少訟源。