審計部臺北市審計處(下稱臺北市審計處)查核發現，臺北市政府推展臺北市藍色公路(下稱藍色公路)，欠缺整體性行銷規劃，搭船人數長年偏低，又未考量河川特性即辦理航道疏浚，無法達到全時段通航之目標，經促請檢討改善，已整合強化行銷宣傳，及調整航道疏浚作業模式，提升營運效能。
臺北市政府為提升淡水河及基隆河之觀光效益，推展藍色公路計畫，於民國(下同)92至98年間耗資2億543萬餘元設置5座營運碼頭，並於97至104年間以2億7,536萬餘元辦理河川及航道疏浚工作。臺北市審計處於104年11月查核發現，藍色公路於93年2月7日通航啟運後，該府辦理推廣活動因缺乏整體性行銷規劃，宣傳成效欠佳，遊客搭船人數長年偏低；另於99至104年間辦理航道疏浚，未考量河川環境特性，規劃可行之航道疏浚計畫，致航道快速回淤而無法達到全時段通航之目標，經於105年4月函請檢討改善。
嗣經臺北市審計處追蹤改善情形，臺北市政府短期內不再新設碼頭，以現有5座碼頭規劃辦理親水遊憩活動，並由該府觀光傳播局整合府內各單位活動，辦理聯合行銷。經統計藍色公路105年7月至8月份遊客搭船人數為15,126人，較104年同期增加111.16％，提升營運效能。另檢討航道疏浚投資效益，藍色公路營運模式已改由業者自行評估臺北市河川水文環境，以淺吃水深之船舶營運；至於疏浚需求則配合調整以景觀及環保為主，並減少航道疏浚作業，避免公帑虛擲。