審計部教育農林審計處（下稱教育農林審計處）查核發現，行政院農業委員會(下稱農委會)辦理公糧收購之公糧庫存量超過法定安全存量且去化不易，造成政府財政負擔，經函請積極研謀改善，已輔導農民種植進口替代作物及積極辦理公糧標售作業，並檢討試辦桃園市楊梅區等6鄉(鎮、市、區)之稻作不繳交公糧，領取每公頃稻作直接給付1萬元。
為穩定糧價，維護農民收益及國家糧食安全，農委會自63年起實施稻米保價收購制度。經教育農林審計處查核發現，公糧收購數量自民國(下同)100至102年度逐年攀升；同期間公糧撥售數量卻未相對成長，且以公糧稻穀收購價格1/3撥售作為飼料米之數量逐年攀升，致公糧銷售(主產品)產生之虧絀，由98年度之3億餘元擴增至102年度之44億餘元，形成政府財政沉重負擔。又102年底公糧庫存量達90萬公噸，若折合糙米量約為70萬公噸，為國內法定存糧30萬公噸糙米量的2.3倍，經函請農委會研謀改善。
嗣經教育農林審計處追蹤改善結果，農委會自104年公糧指定收購29個優良水稻品種，以調整稻米質、量，並輔導農民種植國內需求量大之蕎麥、胡麻、薏苡、仙草、油茶及茶等進口替代作物。公糧收購數量、經費已由102年度之48萬公噸、119億餘元減少為104年度之36萬公噸、88億餘元；又辦理公糧供產製米製品或外銷標售長期合約，公糧銷售糙米量則由102年度之29萬公噸增加為104年度之45萬公噸；104年底公糧庫存量減為79萬公噸，折合糙米量約為61萬公噸；並預計於105年度第2期作試辦桃園市楊梅區等6鄉(鎮、市、區)之稻作不繳交公糧，領取每公頃稻作直接給付1萬元，以保障稻農收益，並兼顧優良農地資源維護與產業永續發展。