審計部臺北市審計處(下稱臺北市審計處)查核發現，臺北市政府轄管臺北市市場發展基金(下稱市場基金)及臺北市文化設施發展基金(下稱文化基金)辦理促進民間參與公共建設案件，未於契約明訂業者應繳土地租金、權利金及回饋金等收入之營業稅，以外加方式計收，致由各該基金負責繳納營業稅，經促請檢討改善，已由業者負擔營業稅，維護市府權益。
依加值型及非加值型營業稅法第1條規定，在中華民國境內銷售貨物或勞務及進口貨物，均應依法課徵營業稅。市場基金及文化基金為提升公共服務水準，增加市有土地收益，於民國(下同)98年間依促進民間參與公共建設法之相關規定，辦理臺北市公有中崙市場BOT計畫(下稱中崙市場BOT)及松山菸廠文化園區興建營運移轉(BOT)計畫(下稱松菸BOT)，契約期間各為52年及50年，預估業者繳交該府之各項租金、權利金及回饋金等收入，合計27億1,409萬餘元。臺北市審計處於100年間查核發現，上述促參案件契約未明定租金等收入之營業稅，以外加方式計收，致各該基金須自行負擔營業稅，經統計98年1月至100年9月已收前揭業者之各項收入合計1億3,858萬餘元，截至100年9月底止，已額外支出營業稅692萬餘元，減損土地開發之財務效益，經函請檢討改善。
嗣經臺北市審計處追蹤改善情形，臺北市政府已積極與業者協商，其中中崙市場BOT案業者已自101年7月2日起依現行稅率繳納營業稅；另於103年11月5日與松菸BOT案業者簽訂增補契約，嗣後各項權利金及租金一律採外加營業稅方式繳交。101年7月至105年8月底止，上述2案業者已負擔營業稅計1,193萬餘元，維護市府權益。