審計部臺灣省新竹市審計室(下稱新竹市審計室)查核發現，新竹市政府辦理新竹漁港泊地疏浚工程，未適時督導改正廠商挖深測量自主檢查及監造單位查驗管制缺失，致部分已施作範圍水深高程經估驗測量結果仍有逾半數未達標準，經促請研謀改善。已加強監督廠商及監造單位落實品質管制措施，並委由專業測量技師協助驗收，確認廠商履約結果全數完成設計浚挖深度，以維持泊地有效水深，保障漁船筏通行及停泊安全。
新竹漁港因受沿岸漂砂及陸上飛砂之影響，造成港內泊地及航道水深容易淤淺，直接影響漁船筏進出港作業，為維持有效水深，新竹市政府須經常辦理港區疏浚工程，民國(下同)103年底投入2,298萬餘元辦理內、外泊地及浮動碼頭等水域疏浚。新竹市審計室查核發現，該疏浚工程施工受海象因素影響，為掌握挖泥深度，廠商品質管理計畫書載明，每次開挖中應以經緯儀、水準儀等儀器，測量開挖深度，隨時修正，並填寫自主檢查表備查；另監造單位應不定期針對廠商自主檢查執行情形予以抽查。惟廠商及監造單位並未以相關科學儀器輔助測量，該府亦未適時督導改正，三級品管制度未能有效落實。據該府辦理內、外泊地浚挖成果估驗資料顯示，已施作範圍各里程測線橫斷面1,243處高程測點中，僅547處符合檢驗標準，平均達成率未及五成，施工品質欠佳，經於104年7月24日函請研謀改善。
嗣經新竹市審計室追蹤改善結果，新竹市政府已增加工程督導次數，嚴加查證廠商自主檢查及監造單位查驗結果，確保施工過程水深測量有效執行；另鑑於疏浚作業屬水下隱蔽工程，完工結果無法明視，該府業委託專業測量技師進行水深地形測量協助驗收，確認內、外泊地及浮動碼頭各里程測線全數完成設計浚挖深度，總計挖除17萬餘立方公尺淤砂，有助於提升漁港使用功能。