審計部審核發現，部分財團法人未經主管機關評估政府捐助效益及通報銓敘部公告，法人治理欠周延，亦不利公務人員退休法令之遵循，經函請行政院督促主管機關研謀改善，相關主管機關已依法管考及通報，有效促進法人良善治理。
依預算法第41條第3項規定，政府捐助之財團法人，每年應由主管機關評估捐助效益，併入決算辦理。另按民國(下同)99年8月修正之公務人員退休法第23條第1項第3款及第32條第6項規定，公務人員退休後任職於政府捐助成立之財團法人職務，應停止領受月退休金及停辦優惠存款；該法施行細則第11條則規定，各主管機關應將該等財團法人相關資料，依規定格式造冊填送銓敘部，俾憑公告。經審計部審核發現，交通部主管之中國驗船中心與衛生福利部主管之中華民國寄生蟲防治會及微窗醫學基金會，均係政府捐助成立之財團法人，103年底政府累計捐助基金金額(比率)分別為1,909萬餘元(31.82％)、2,100萬元(35.00％)及12萬元(1.20％)，惟上開財團法人之政府捐助效益未經主管機關依法評估，併入決算辦理，亦未通報銓敘部公告，法人治理機制未盡周延，且不利前揭公務人員退休法令之遵循，經函請行政院督促相關主管機關研謀改善。
嗣經審計部追蹤上揭3家財團法人之主管機關改善情形，交通部及衛生福利部均已評估政府對該等財團法人之捐助效益，併入104年度主管決算辦理，並於當年底前將法人相關資訊通報銓敘部公告(詳附表)，有效促進法人良善治理，並利防杜退休公務人員再任法人職務支領雙薪及優惠存款利息。