行政院環境保護署於民國（下同）101至106年間推動水體環境水質改善及經營管理計畫，截至103年8月底止執行情形，經審計部查核結果，有污染整治計畫側重後端整治、部分市縣公共污水下水道接管普及率偏低、未積極洽商農業委員會研議畜牧廢水污染源頭減量機制、水質監測機制不具及時性、稽查次數未能有效嚇阻業者非法排放廢水，現地處理設施水質淨化效益欠彰等情事，經依審計法第69條規定，於104年3月20日函請行政院督促改善及並報告監察院後，環保署已具體回應與改善，除加強研擬各項管制措施，並加嚴各業別放流水之標準污染削減量，以提升河川整治成效。本項專案調查攸關民生議題，爰彙整相關查核資料，撰具專案審計報告，以供各界參考。