審計部查核發現，部分政策性農業專案貸款案件（下稱專案農貸）遭詐貸牟取不法利益，經函請行政院農業委員會農業金融局（下稱農業金融局或該局）檢討妥處，該局已研議相關防範機制，並收回承辦金融機構請領之專案農貸利息差額補貼1億1,811萬餘元，有效強化專案農貸相關管理機制，俾利政策永續發展。
行政院農業委員會為落實照顧農漁民政策，自民國（下同）62年起推動專案農貸，由農漁會信用部等金融機構以政府訂定之優惠利率貸放予農漁民，政府另提供經辦金融機構利息差額補貼，以提升金融機構承作意願，農業金融局於93年成立後承接是項業務，賡續協助農漁民取得經營農漁業所需資金。惟臺南地方法院檢察署於100年9月偵辦地下錢莊暴力案件時，查有掮客勾結農會職員及借款人申請專案農貸，撥貸後卻未用於指定用途，農會信用部藉此賺取政府利息差額補貼，借款人則以低利取得資金移作他用，有詐欺或偽造文書之嫌。嗣彰化、嘉義、雲林、屏東及高雄地方法院檢察署亦陸續調閱轄區農會信用部辦理專案農貸相關資料，截至104年10月22日止，檢察機關已調取10,492件案卷，其中2,314件偵辦終結，起訴28人，緩起訴2,914人。為避免不法分子濫用政府提供專案農貸美意，獲取不當利得，審計部建請農業金融局彙整缺失態樣研議相關防範機制，避免類此情事再度發生，並儘速依規定收回經辦金融機構已請領之專案農貸利息差額補貼，俾利政府資源確實用於農漁業發展。
嗣經審計部追蹤改善情形，農業金融局已修正專案農貸相關規範及帳務系統，暨加強檢查，督促農漁會信用部落實資格審查及掌握資金流向，截至105年6月底止，該局並已收回不合規定專案農貸利息差額補貼計1億1,811萬餘元，有效強化專案農貸相關管控機制，俾利政策永續發展。