審計部教育農林審計處(下稱教育農林審計處)查核發現，科技部各科學工業園區管理局收取園區事業機構管理費，其計收基準及銷售額劃分未臻明確，經函請科技部檢討改善，業已修正科學工業園區管理費收取辦法(下稱管理費收取辦法)，並建立相關勾稽控管措施，健全管理費收取機制。
科技部各科學工業園區管理局為辦理園區公共設施、維護安全與環境品質，按銷售額之1.9‰向園區事業機構收取管理費，民國(下同)103年度管理費收入44億餘元，占科學工業園區管理局作業基金業務收入之35.43％，係基金之重要收入來源。教育農林審計處查核發現，因管理費計收基準定義及銷售額劃分未臻明確，致園區事業長久以來均以稅法規範之銷售額作為計收基準，並藉由分設於園區內外之總、分支機構，將區內貨品或勞務移轉至區外，以規避管理費申報繳納，而現行勾稽機制卻乏驗證其繳納數額之正確性等情事，經函請科技部督促各科學工業園區管理局檢討改善。
嗣經教育農林審計處追蹤改善結果，科技部已於104年11月24日修正管理費收取辦法部分條文，除將「銷售額」修正為「營業額」並明定其內涵及要求園區廠商檢附足資證明其營業額之文件外，並增設關鍵欄位強化園區事業管理費系統及研提進、出口報單等稽核措施，以健全管理費收取機制。