審計部臺灣省新竹市審計室(下稱新竹市審計室)查核發現，新竹市政府(下稱該府) 辦理農業用地變更為非農業使用審核業務，因未設置農業發展基金專戶，致行政院農會委員會(下稱農委會)未能回撥半數回饋金供作農業發展及農民福利之用，經促請檢討改善，該府業已檢討設置農業發展基金專戶，並取得農業用地變更回饋金4千餘萬元，增進農業發展及農民福利。
依農業發展條例規定，農業用地於變更為非農業使用時，應視其事業性質繳交回饋金，撥交中央主管機關所設置之農業發展基金，專供農業發展及農民福利之用。復依農業用地變更回饋金撥繳及分配利用辦法規定，縣 (市) 政府代收之回饋金，應按季撥交中央主管機關所設置之農業發展基金；該基金同時應撥交所收取之回饋金二分之一予直轄市或縣(市) 政府所設置之農業發展基金，供農村建設及農地管理之用。新竹市審計室查核發現，該府民國(下同)99至103年度辦理農業用地變更為非農業使用審核業務，計核准14案，應收取回饋金300萬餘元，惟因該府未設置農業發展基金專戶，農地變更申請人僅能將回饋金直接繳納至農委會農業發展基金專戶，而應由農委會回撥之回饋金約150萬餘元則因無專戶未獲分配，經函請該府檢討改善。
嗣經新竹市審計室追蹤改善結果，該府已於104年6月設置農業發展基金專戶，經統計截至104年底止，該府業核准新竹市北區福林自辦農村社區土地重劃等3件農業用地變更為非農業使用案，代收回饋金撥交農委會農業發展基金專戶計9,560萬餘元，並獲該基金回撥該府基金專戶之回饋金計4,780萬餘元，做為新竹市農村建設及農地管理之用，增進農業發展及農民福利。