審計部教育農林審計處（下稱教育農林審計處）查核發現，國立海洋科技博物館（下稱海科館）委託慶陽海洋企業股份有限公司（下稱慶陽公司）營運，惟該館未依契約規定要求慶陽公司支付每年應分攤之臺鐵深澳支線營運及維修成本。經函請研謀改善，慶陽公司已依契約規定繳交民國（下同）103年度應分攤之成本1,000萬元。
教育部為利海科館營運，爭取交通部臺灣鐵路管理局（下稱臺灣鐵路管理局）配合將原已停駛之深澳支線恢復營運，並經研商該支線營運及維修成本，由海科館及臺灣鐵路管理局分擔。嗣海科館於101年5月委由慶陽公司營運，並於契約約定慶陽公司應自海科館與臺灣鐵路管理局協商之營運起始年期起，每年依指定期限支付應分攤之臺鐵深澳支線營運及維修成本1,000萬元。教育農林審計處查核發現，臺鐵深澳支線於103年1月9日恢復營運，惟海科館未依契約規定要求慶陽公司支付每年應分攤之臺鐵深澳支線營運及維修成本，經於104年6月8日函請海科館研謀改善。
嗣經教育農林審計處追蹤海科館改善情形，該館已要求慶陽公司於每年6月底前，依約給付應分攤前一年度臺鐵深澳支線營運及維修成本1,000萬元，該公司已於104年7月31日繳交103年度應分攤之金額。