審計部查核發現，行政院國家發展基金(以下簡稱國發基金)透過信託專戶投資之民營事業，自行排除適用政府轉投資相關規範，又委由經濟部中小企業處辦理之「加強投資中小企業實施方案」(以下簡稱中小方案)，部分委任管理顧問公司之投資案件，係該基金原有直接投資事業，增加基金管理費支出，經陳報監察院，業由該院糾正國家發展委員會及經濟部中小企業處。
國發基金為配合政府產業政策，以信託方式委由兆豐國際商業銀行 (以下簡稱兆豐商銀)管理信託專戶，並以兆豐商銀名義投資於創業投資事業，截至民國(下同)104年底止，該基金累計信託投資國內外創業投資事業計69家，帳列投資金額83億3,046萬餘元；又為加強投資國內中小企業，委由經濟部中小企業處委託兆豐商銀管理資金專戶並擔任民營事業股東，同時亦委託管理顧問公司辦理投資案之評估及管理，截至104年底止，該基金透過經濟部中小企業處委託24家管理顧問公司，累計信託投資261件，帳列投資金額52億5,420萬餘元。
審計部查核發現，國發基金透過信託專戶投資創業投資事業或民營事業，基金為實質參與投資者，惟以股東並非基金為由，自行排除適用「中央政府特種基金參加民營事業投資管理要點」；又該基金已陸續參與投資國光生技等公司，並派有股權代表管理各該轉投資事業，惟委由經濟部中小企業處辦理之中小方案，部分受委任管理顧問公司仍再投資該等轉投資事業，每年增加基金管理費支出約444萬餘元。經於 103年2月19日函請行政院查明妥適處理。嗣經監察院立案調查後，於105年2月3日糾正國家發展委員會及經濟部中小企業處。(詳監察院公報第2987期)