審計部查核發現，國防部陸軍司令部(下稱陸軍司令部)辦理紅柴林營區整建工程計畫，因延宕營區廢棄物清理工作，致無法按照預定計畫期程，興建完成紅柴林營區之相關營舍，經促請國防部研謀妥處，紅柴林營區業已開放部隊進駐使用。
陸軍司令部為配合未來蘭陽地區精進案駐地調整，及落實國軍二代兵力整建政策，經會勘選定宜蘭縣三星鄉蘭陽溪南岸紅柴林段土地102.18公頃，整體規劃辦理「紅柴林營區整建工程」需求計畫，以符未來進駐實際需求。該計畫經行政院於民國(下同)94年6月29日核定經費11億5,706萬餘元，嗣因陸軍司令部未依內政部於92年5月1日核定之「三星紅柴林營區開發計畫」內容辦理，爰修訂需求計畫，經行政院於97年7月29日核復同意辦理，並由國防部於99年1月25日核定投資綱要計畫，編列預算18億4,870萬元，執行期程為94至101年。惟該計畫工程截至102年9月底止，仍未竣工，執行進度嚴重落後，經審計部調查結果，核有：陸軍司令部未落實基地初步地質調查等先期規劃作業，且未依環保法令完成廢棄物處理前即予建案；代辦機關國防部軍備局工程營產中心及陸軍司令部漠視變更設計辦理時效及管制作業，致計畫執行期程須延長2年至103年底；又陸軍司令部未督促第六軍團指揮部儘速執行污染整治等應變必要措施，肇生危害官兵、居民健康之虞，逾3年6個月仍未查明全營區廢棄物數量與影響範圍等未盡職責及效能過低情事，經函請國防部研謀妥處。
案經審計部追蹤結果，紅柴林營區業於104年1月29日開放部隊進駐，達成提供符合現代作戰訓練需求營舍之目標；另國防部為避免廢棄物處理影響營區整建計畫執行期程，於104年3月20日頒布「國軍營區(地)土壤及地下水污染防(整)治綱要計畫」，以明確律定營區使用保管、污染整治改善及相關單位間之作業權責，避免再生類案。