經濟部水利署(下稱水利署)運用中央政府易淹水地區水患治理計畫特別預算(下稱易淹水特別預算)辦理所屬河川局轄管區域防洪指揮中心之建築，經審計部稽察發現，該署所屬第二河川局及六河川局未依立法院審議水患治理特別條例之附帶決議及經濟部核定之執行計畫書辦理，不當運用易淹水特別預算興建與預算用途範圍無關之行政辦公廳舍，或任意變更用途及擴增樓地版面積等重大違失，經陳報監察院核辦，監察院已糾正水利署第二河川局及第六河川局。
水利署為強化區域水情監控，以減少災害損失，自民國(下同)97年起分別於中央政府易淹水地區水患治理計畫第2期(97至99年度)與第3期(100至102年度)特別預算編列4億1,310萬元，興建8座區域防洪指揮中心，並於101年11月至103年5月間陸續完工。審計部稽察發現，水利署第二河川局及第六河川局辦理轄管區域防洪指揮中心建築工程，未依照立法院審議水患治理特別條例要求易淹水特別預算應全數用於水患防治之附帶決議辦理，竟夾帶興建與預算用途範圍無關之秘書室及人事室等一般行政辦公空間，且逾越水利署規定標準及經濟部核定執行計畫書之興建規模，擴增樓地版面積1,963平方公尺，占總興建樓地版面積之33％，以致建築量體超出易淹水特別預算用途範圍之空間閒置未用或充作行政辦公廳舍，合計違反易淹水特別預算用途之支出金額約達4,089萬餘元，核有重大違失。經審計部於104年6月29日依審計法第17條規定陳報監察院核辦，嗣經該院立案調查後，於105年1月6日糾正水利署第二河川局及第六河川局(詳監察院公報第2984期）。