臺南市政府水利局(下稱水利局)迄民國(下同)102年底，共設置37座抽水站，經審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，該局未依各地區之需求急迫性妥為規劃抽水站之興建優先順序，且未完成排水溝及雨水下水道等配套措施，致部分地區之積(淹)水未能及時排放至抽水站抽排，經通知研謀改善，該局已依淹水情形綜合考量後續興建之優先順序，妥善運用資源，並完成雨水下水道實施計畫相關作業，確保民眾生命財產安全。
水利局為避免淹水情形，迄102年底共興建南興等37座抽水站，總經費26億5,238萬餘元。臺南市審計處調查發現，部分抽水站之興建欠缺需求急迫性，興建完成後長期閒置，部分地區水患嚴重，惟多年來未規劃興建抽水站，人民生命財產遭受危害；又耗費鉅資興建抽水站，惟排水溝及雨水下水道配套系統卻未併同檢討改善，影響排洪效果等缺失，經於102年5月通知水利局研謀改善。
嗣經臺南市審計處追蹤結果，水利局自103年度起已針對未及興建抽水站之地區，先運用堤防修築配合移動式抽水機抽排等方式，力求縮減轄境淹水面積，並俟後續年度中央補助經費陸續到位後，次第進行整治；另於104年度完成全市治水策略，依輕重緩急決定後續抽水站之興建順序；並於104年5月完成全臺南市雨水下水道實施計畫，據以擬訂各年度執行工程。另依全市治水策略，針對易淹水區域持續向中央爭取補助整治經費，業於104年獲內政部營建署補助2億5,869萬餘元興建崑山抽水站及華宗抽水站，預計106年汛期前投入防汛作業，將可提升當地防洪能量，避免淹水災情。