審計部查核發現，經濟部為推動自由貿易協定之洽簽，研提「因應貿易自由化產業調整支援方案」，惟其預算編列散見於各單位及計畫，外界不易瞭解政府作為全貌，經函請行政院檢討妥處，行政院已責付經濟部制定「因應貿易自由化調整支援條例」，並將由行政院設置專款基金，以協助受影響產業及勞工。
經濟部為因應我國與他國洽簽自由貿易協定，可能對國內弱勢產業及中小企業產生之衝擊，研提「因應貿易自由化調整支援方案」，匡列952億元經費，辦理期程為民國(以下同)99至108年度，並經行政院於99年2月22日核定；嗣為因應102年6月21日兩岸簽定服務貿易協議，增加30億餘元經費，總經費調整為982億餘元。該方案調整支援措施包括：振興輔導、體質調整、損害救濟等，99至104年度止，累計匡列預算數325億餘元，實際執行數254億餘元，執行率78.15％（詳表）。經審計部查核發現，該方案經費來源，係整合各相關部會公務及基金預算，分由各相關單位原有一般輔導計畫預算列支，顯示該方案預算編列與執行方式，不易使外界瞭解政府因應貿易自由化之實際協助作為，經函請行政院檢討妥處。
嗣經審計部追蹤改善情形，行政院已責付經濟部制定「因應貿易自由化調整支援條例」，並經立法院於104年12月15日審議通過，將由行政院設置基金，以專案專款方式，集中資源協助受影響產業及勞工，彰顯政策措施。