審計部查核發現，內政部營建署(下稱營建署)辦理「污水下水道第四期建設計畫」配合「水體環境水質改善及經營管理計畫」執行情形，未落實評核地方政府辦理污水合理截流業務之推動及相關工作之執行等，經促請該署檢討改善，已檢討納入最佳截流操作管理評鑑考核之相關規定，以期控制污染排放。
一般家庭污水如位於未接管污水下水道地區，係經由排水溝、雨水下水道直接流入河川，造成水源污染，故於排水溝等之污水流入河川水體前，設置截流站等設施，將污水導流至污水下水道送至污水處理廠(水資源回收中心)處理，以防治河川污染；另污水處理廠在營運初期用戶接管水量成長較為緩慢，為使污水處理廠儘早達到合理水量以利運轉操作，初期以截流雨水排水或河川水作為部分污水來源，除可在污水處理廠有餘裕量之情形下協助減少污染物進入河川、提升河川水質，可解決污水處理廠運轉初期水量不足的問題，及早讓污水處理廠進入正常操作階段。營建署依行政院民國(下同)100年5月核定「水體環境水質改善及經營管理計畫」，應督促地方政府等公共污水廠管理機關研擬污水截流操作策略及成效評估，合理化操作各截流站(井)，以發揮全流域污水削減之最大效益等事項，惟審計部查核發現，該署辦理公共污水處理廠相關業務之評鑑考核，未能顯現該水體環境計畫內所規定之截流操作策略及成效評估等面向，影響計畫成效，經通知該署研謀改善。
經審計部追蹤改善結果，營建署已於104年11月20日函修正「公共污水處理廠評鑑作業要點」及「評鑑作業表單」，將處理截流水及建立截流站或揚水站管理機制等事項納入評鑑作業，包括各單元操作之掌握、標準作業程序(SOP)執行情形、標準維護程序(SMP)執行情形等面向，依該要點及表單進行評鑑作業，將污水截流及妥善操作之機制部分納入，並督導地方政府等公共污水廠管理機關落實辦理，藉以評估污水廠餘裕量與截流量之合理性，以達評鑑作業目的及計畫效益，該署刻正依上開修正內容辦理104年度公共污水處理廠評鑑作業中，審計部將賡續注意後續辦理情形。