審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，前臺南縣政府(下稱前縣府)興建北門漁港多功能魚市大樓，完工後長期閒置，經函請檢討改善，臺南市政府已設立漁民服務處辦理社區學習課程、陳列地方特色產品推廣漁村文化，並配合漁港觀光休閒產業建構自行車網，充分活化閒置公產。
前縣府鑑於北門(蘆竹溝)漁港漁貨拍賣市場建物老舊破損，已成危樓且不利地方發展，遂於民國(下同)97年研提「臺南縣北門(蘆竹溝)漁港再造計畫」經行政院農業委員會漁業署核定，共耗資4,329萬餘元興建北門漁港多功能魚市大樓，99年5月1日竣工啟用。臺南市審計處查核發現，前縣府未審慎考量近海漁業資源逐漸枯竭及漁民以養殖牡蠣為主，即投資興建，致完工後即閒置，且臺南市政府於100年11月1日委託南縣區漁會經營管理後，對該漁會經營效能不彰情形，未積極督促調整營運計畫及推動相關活化措施，致未能達成漁港建設應有效益，經函請通知臺南市政府研謀處理改善。
嗣經臺南市審計處追蹤臺南市政府改善結果，北門漁港多功能魚市大樓委託管理單位南縣區漁會已於102年12月11日重新提送經營管理計畫書，並經該府核備在案，現已設置漁民服務處辦理社區學習課程、召開各項漁業會議，並積極輔導漁會陳列地方特色產品等活化措施；另結合交通部觀光局積極推動漁港觀光休閒產業，建構自行車路網，營造漁港休閒氛圍。經統計該魚市大樓自103年9月起至104年12月止，計辦理研討會等相關活動13場次；另平均單月參訪休閒遊憩人數達610人次，有效活化閒置公產提升使用效益。