審計部教育農林審計處(下稱教農處)查核發現，文化部執行綠島人權文化園區籌設計畫，未完成計畫用地之撥用程序，且疏於規劃利用，致部分區域長期荒廢閒置，未達計畫效益，經函請文化部檢討改善，該部業已成立國家人權博物館籌備處專責承辦園區籌備事務，並增加撥用取得土地，開放參觀面積已擴大至24公頃，增添民眾觀光休憩場域。
前行政院文化建設委員會(民國【下同】101年5月20日改制為文化部)為保存珍貴歷史文化資產並予以活化再利用，於94年提報「綠島文化園區籌設計畫」，並納入95至98年度中央政府擴大公共建設投資計畫特別預算，共編列預算6億8,062萬元，規劃園區占地32公頃，需撥用303筆土地，預定於97年5月20日完成全區開放。教農處查核發現，文化部仍有約15公頃土地(占園區核定面積47％)尚未執行撥用程序；復疏於規劃利用，任令部分區域長期荒廢閒置，且未積極協調相關機關配合辦理，肇致園區開放使用面積僅1.4公頃（約占4％），土地取得效率低落，亦缺乏有效規劃運用，致未能達成全區保存再利用之計畫目標，經依審計法第69條規定，於101年3月函請行政院督促檢討改善，並陳報監察院。嗣經監察院調查後於102年6月19日糾正文化部。（監察院公報第2865期）
嗣經教農處追蹤文化部改善結果，已成立國家人權博物館籌備處專責承辦綠島人權文化園區籌備事務，截至104年9月底止，增加完成撥用取得土地62筆，面積8.26公頃，餘仍持續進行撥用程序中，園區開放參觀使用面積已逾24公頃（約占70％）；另統計自102年至104年9月底止，入園參觀人數已達67萬人次，充分發揮文化資產保存及活化效益，並增添民眾觀光休閒場域。