審計部各地方審計處室查核發現各市縣主管機關執行寵物絕育計畫成效欠佳，民國(下同)102年度22市縣寵物登記絕育率僅41％，部分市縣之絕育率更低於3成，且寵物登記率亦偏低，經函請檢討改善。各市縣主管機關已編列預算或向行政院農業委員會(下稱農委會)爭取補助辦理轄內家戶犬(貓)絕育計畫，並加強寵物登記及絕育之宣導與稽查，整體絕育率已明顯成長。
依動物保護法第22條規定寵物飼主應為寵物絕育。據審計部各地方審計處室辦理專案調查發現，各市縣主管機關歷年行政資源多以執行流浪犬(貓)TNR(捕捉、絕育及釋放)為主，對於家犬(貓)絕育計畫之宣導與執行，尚欠積極，致寵物絕育比率偏低。復據臺南市審計處與臺南市動物防疫保護處合辦之「地方政府寵物管理及流浪動物收容安置政策研討會」，與會專家學者均表示，流浪犬(貓)多為家戶豢養之寵物繁殖過剩棄養而來，解決流浪動物問題，須從加強絕育著手。依農委會公布之102年全國家犬(貓)數量231萬5千餘隻，其中經各市縣查填所轄寵物登記數116萬餘隻，寵物登記比率約50.11％，已完成寵物登記之犬(貓)絕育數47萬6千餘隻，寵物絕育率41％，換算全國家犬(貓)絕育率僅約20.57％，寵物絕育及登記計畫執行成效欠佳，經函請各地方政府檢討改善。
嗣經各地方審計處室追蹤轄審地方政府改善情形，據統計各市縣104年度家犬(貓)絕育預算經費合計為5,946萬餘元(含地方政府自籌及農委會補助款)，較103年度經費增加14％，預計辦理5萬隻寵物絕育。經於各轄內辦理寵物免費絕育及加強寵物登記、絕育宣導，並同歩厲行稽查作業等。104年度截至9月底止，22市縣已完成寵物登記12萬3千餘隻，寵物絕育6萬7千餘隻，業達成全年度預計辦理目標量，且已登記寵物絕育率達54.51％(其中嘉義縣86.39％、雲林縣86.06％及臺南市77.66％，分居前三名)，與102、103年之41％及43％相較，有明顯成長。