審計部調查發現，菸品健康福利捐之分配及運用情形，缺乏資訊公開揭露機制，不利民眾瞭解其流向及運用成效，又累計待運用之菸品健康福利捐金額龐鉅，未獲有效運用，經函請衛生福利部研謀改善，業已修正菸品健康福利捐分配及運作辦法，明定各受配機關應於機關網站公開相關資訊，且該部應就菸品健康福利捐使用成效等進行評核，納入未來調整分配比率之參考，以提升菸品健康福利捐運用效益，並強化資訊透明度。
政府為營造健康無菸之生活環境，維護國民健康，制定菸害防制法，依該法規定每包菸品徵收20元之菸品健康福利捐，運用於菸害防制、衛生保健、社會福利等用途，以因應菸品造成之健康負擔，並期降低菸品消費量。經審計部調查發現，菸品健康福利捐之分配及運用情形，缺乏資訊公開揭露機制，補捐助相關資訊散見於受配機關網站，且未與機關其他財源之補捐助事項分列，不利民眾瞭解其分配、運用及賸餘之全貌；又該部未依實際需求分配菸品健康福利捐，部分運用項目執行率長期偏低，卻仍續獲配款項，截至民國（下同）103年底止，累計待運用之菸品健康福利捐數額已高達119億餘元，凸顯菸品健康福利捐未獲有效運用，經函請衛生福利部研謀改善。
案經審計部追蹤改善情形，104年10月15日修正發布之菸品健康福利捐分配及運作辦法，已明定各受配機關應於每年4月前於機關網站公開前一年度經費執行情形、成效及補捐助相關資訊；衛生福利部並應就菸品健康福利捐使用成效、行政配合及預算執行狀況等進行評核，納入未來調整分配比率之參考，以提升菸品健康福利捐之運用效益，強化資訊透明度。