審計部臺北市審計處(下稱臺北市審計處)查核發現，臺北市政府捷運工程局(下稱捷運局)辦理捷運系統木柵線木柵站土地聯合開發投資案權益分配，未確實依規定扣除捷運轉乘停車設施興建成本，致投資人獲得較高之權益分配比例，損及市政府權益3,669萬餘元，經陳報監察院，業由監察院糾正捷運局。
捷運局為配合捷運系統木柵線木柵站基地周邊土地未來將發展為木柵及深坑之交通轉運站，依臺北市政府民國(下同)86年7月核定之「木柵線木柵站交十三用地聯合開發計畫」，規劃設置捷運轉乘停車設施(總經費3億4,500萬元)，於93年1月20日交由投資人併同聯合開發建物採共構方式興建完成後，以捷運特別預算予以購回，不納入聯合開發建物權益分配。臺北市政府於94年7月6日與投資人簽訂投資契約書，由投資人出資並依照該府核定之土地開發計畫、合作條件及分收比例，辦理本案興建事宜，另由捷運局負責履約管理作業。
臺北市審計處查核發現，捷運局辦理本開發計畫案權益分配，未確實依照投資契約書等規定，將全棟建築物總投資金額扣除捷運轉乘停車設施建造成本後，再作為投資人建物貢獻成本計算基礎，致投資人獲得較高之權益分配比例，減損臺北市政府權益3,669萬餘元，經於104年4月29日陳報監察院，嗣經該院立案調查後，於104年10月15日糾正捷運局。(詳監察院公報第2975期)