審計部查核發現，營業稅欠稅人不符自動補報補繳稅款要件，卻持自動補報補繳稅額繳款書繳納稅款，金融機構依稅捐稽徵法自動補報補繳之規定未計收滯納金，北區國稅局於辦理稅款劃解時亦未察覺欠稅人不符該規定，致漏未追繳滯納金，經函請該局及賦稅署研謀改善。業經各國稅局補徵滯納金計1,018萬餘元，並修改營業稅系統，及於財政部稅務入口網之線上服務項下營業稅繳款書頁面「自動補報補繳」勾選欄位，新增提醒視窗，告知上開規定。
依加值型及非加值型營業稅法第50條第1項規定，納稅義務人逾期繳納稅款，每逾2日按滯納之金額加徵1％滯納金。又依稅捐稽徵法第48條之1第1項規定，納稅義務人自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款者，凡屬未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，各稅法所定關於逃漏稅之處罰一律免除。審計部查核發現，北區國稅局辦理稅款劃解時，未察覺營業稅欠稅人不符自動補報補繳規定，卻使用自動補報補繳稅額繳款書繳納稅款，致有漏未加徵滯納金情事；暨財政部稅務入口網之線上服務項下提供營業稅自繳稅款繳款書列印之便民服務措施，網頁列有「自動補報補繳」欄位供納稅義務人勾選，惟未敘明適用要件，造成未符自動補報補繳規定之欠稅人勾選該欄位，並持列印之繳款書繳納稅款，致代收稅款之金融機構未加徵滯納金，經函請北區國稅局及賦稅署研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善結果，經各國稅局清查民國(下同)99至103年度短徵滯納金案件，計補徵1,268件，金額1,018萬餘元，並於103年12月修正營業稅系統新增稅款劃解異常清冊，以杜逃漏，及自104年7月起，於財政部稅務入口網之線上服務項下營業稅繳款書頁面「自動補報補繳」勾選欄位，新增提醒視窗，告知須符合稅捐稽徵法第48條之1規定要件者始能適用，未符要件者，縱使選取自動補報補繳稅額繳款書，稽徵機關仍依規定補徵滯納金。