審計部臺灣省苗栗縣審計室(以下簡稱苗栗縣審計室)查核發現，苗栗縣政府辦理畜牧場管理業務，未積極輔導超逾指定飼養規模之飼養戶辦理畜牧場登記及聘置獸醫師，經函請檢討改善，該府已輔導飼養戶依規定辦理登記及畜牧場聘置獸醫師，並加強管理業務，落實防疫機制。
依畜牧法第4條第1項規定，飼養家畜、家禽達中央主管機關指定之飼養規模以上者，應申請畜牧場登記。同法第9條規定，畜牧場應置獸醫師或有特約獸醫師，負責畜牧場之畜禽衛生管理，遇有家畜、家禽發病率達10％以上時，獸醫師應於24小時內報告當地主管機關。苗栗縣審計室查核發現，截至民國(下同)102年底止，苗栗縣全縣飼養戶計323家，其中66家飼養戶飼養家畜及家禽數量超逾指定飼養規模，卻未依規定辦理畜牧場登記；及已登記之畜牧場計 509家，其中已聘置獸醫師者僅302家，約59.33％，高達4成畜牧場未依規定聘置獸醫師，顯示苗栗縣政府未積極辦理飼養家畜、家禽戶及畜牧場之管理業務，經函請該府檢討改善。
嗣經苗栗縣審計室追蹤苗栗縣政府改善結果，103年1月至104年8月底止，經該府清查及輔導結果，66家超逾指定飼養規模之飼養戶，其中31家已減量飼養，其餘35家限期改善中；已登記之509家畜牧場，除53家辦理停(歇)業，餘456家中，已聘置獸醫師者計365家，比率80.04％，尚有91家或因獸醫師聘任合約剛屆期尚未續約，或因無飼養或飼養少量而未聘置，該府除於網站宣導畜牧場應依規定聘置獸醫師，以防範疫情之發生及擴散外，對於尚未改善完成者列管追蹤，加強管理業務，落實防疫機制。