審計部臺灣省屏東縣審計室(以下簡稱屏東縣審計室)查核發現，民國(下同)98年莫拉克風災後，位於屏東縣高屏溪流域上游之高樹、里港及鹽埔等鄉境內荖濃溪及隘寮溪土石淤積嚴重，亟待疏濬，惟該府暨上開鄉公所辦理河川疏濬計畫砂石標售方式不一，且以採售合一方式者居多數，有同河段同時期分別以採售合一及分離等方式辦理情事。經函請檢討改善，回歸機關辦理疏濬工程，以採售分離為原則，若須以採售合一方式辦理，允宜訂定適用範圍及依據。
依據經濟部97年11月28日「河川水庫疏濬標準作業規範」八、規定，執行機關辦理疏濬工程，以採售分離方式辦理為原則；及經濟部98年10月26日「莫拉克颱風災區申請河川疏濬簡化程序規定」五、規定，縣市政府經許可辦理疏濬者，得以採售分離或採售合一方式辦理，…以加速河川疏濬工作推動；另屏東縣政府103年1月3日函示，申請疏濬計畫之執行方式，應包含採售分離，且採售分離標案至少須占全部標案50％以上，並應優先發包為原則。經屏東縣審計室查核發現，屏東縣政府暨轄屬鄉公所102至103年度辨理河川疏濬標案共31件，總金額21億3,390萬餘元，其中以採售合一方式者占18件，比例超過5成，且多未敘明理由，或僅簽註財政困難等，均難謂有緊急及特殊性之需求；又里港及高樹鄉公所於同河段同時期分別以採售合一及採售分離方式辦理，其機關淨收益單價較採售合一者平均高出各約29％及34％，且採售合一履約期間監督管控不易，易滋弊端，損及政府權益。鑑於目前疏濬已無急迫性需求，經函請該府通盤檢討改善。
嗣經屏東縣審計室追蹤屏東縣政府後續改善結果，該府已於104年9月18日發函各相關公所，爾後申請辦理中央管或自辦縣管河川疏濬計畫，均以採售分離方式為原則；若遇緊急疏濬需要、施工困難度高或砂石工項占比偏低等特殊情況，始可敘明原因報經縣長同意後以採售合一方式辦理，目前已無採售合一方式辦理之案件，提升河川疏濬計畫執行效益。