審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)調查發現，臺南市政府水利局(下稱水利局)辦理港尾溝溪排水出口改善工程，因未落實用地調查作業，開工後始發現用地遭重金屬污染，且相關廢棄物堆置工區逾5年未清除，經函請檢討改進。該局已將工區之廢棄物全數清除完竣，並將落實辦理後續工程用地取得前之重金屬檢測作業，以避免類案再生。
臺南市仁德地區因地勢低窪不利於排水，每年颱風期間屢生淹水災情。為改善當地淹水問題，水利局耗資1億3,866萬餘元(不含土地取得成本1億1,622萬餘元)，自民國(下同)97年8月2日動工興建港尾溝溪排水出口改善工程(含滯洪池及抽水機平台等)，開工後旋於同年11月23日發現施工場址地底遭掩埋事業廢棄物，水利局爰將廢棄物先以太空包打包後暫置工區。經臺南市審計處調查發現，該工程雖於98年11月4日竣工，惟上開廢棄物迄103年底，仍堆置工區逾5年未清除，且部分太空包破損傾倒，廢土外溢散落，恐有造成二次污染之虞；又查水利局未依土地徵收條例等相關規定，於徵收土地前實施用地調查或勘測作業，迄開工後始發現用地遭受重金屬污染，徒增後續清理費用，經函請水利局檢討改善。
嗣經臺南市審計處追蹤後續改善結果，水利局於相關廢棄物完成最終處理前，先設置不透水布等防沖刷滲流設施，以防止滲流導致發生二次污染，另該局已於104年5月辦理港尾溝溪滯洪池廢棄物清理工程，相關廢棄物於104年8月31日已全數清除完竣；又該局嗣後辦理重大工程之用地取得前，將增加土壤重金屬檢測抽樣之數量及深度，以預先確知土壤有無遭受重金屬污染等情事，避免增加後續清理費用等不經濟支出。