審計部查核發現，政府推動二代健保改革，於全民健康保險法明定政府應負擔之保險經費不得少於36％，惟其計算基礎定義未臻明確，肇致衛生福利部與行政院主計總處兩機關計列數額衍生歧異，經函請行政院督促相關機關查明妥處。案經該院研處確立計算原則，經衛生福利部重新核算，政府應增加負擔民國(下同)102及103年度健保經費合計489億餘元。
行政院為澈底解決健保財務問題，推動二代健保改革，於100年1月26日修正公布全民健康保險法，自102年1月1日起施行保費新制。修正後之全民健康保險法規定，政府每年度應負擔之保險經費，在菸品健康福利捐等法定收入之外，不得低於全部保險經費之36％，不足部分由衛生福利部編列預算撥補。經審計部查核發現，該法對於政府應負擔健保經費下限之計算基礎定義未臻明確，肇致保費新制施行後，衛生福利部與行政院主計總處兩機關對於政府應負擔健保經費下限之計列，衍生認知歧異且金額甚鉅，經函請行政院督促相關機關查明妥處。
審計部追蹤後續辦理情形，行政院業於104年5月研處確立尊重衛生福利部對法令解釋權及算法，並請行政院主計總處會同衛生福利部重新計算不足數額，視政府財政狀況分年撥補。案經衛生福利部重新核算結果，政府應增加負擔102及103年度健保經費合計489億餘元；另該部105年度預算案已增編157億元，將用以撥補前開不足數額。