審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現臺南市部分經管市有土地遭占用，經追收使用補償金，惟其土地仍免徵地價稅，有違租稅公平原則，經函請臺南市政府及臺南市政府稅務局(下稱稅務局)查明妥處，業經依法補徵地價稅，維護租稅公平。
土地稅減免規則第7條規定，供公共使用之公有土地免徵地價稅。同規則第29條亦規定，減免地價稅原因事實有變更或消滅時，土地管理人應向稽徵機關申報恢復徵稅。另依財政部民國(下同)93年7月5日函釋，公用土地被占用，管理機關向占用人追收使用補償金，屬係供他人使用而有收益情形，自應課徵地價稅。經臺南市審計處查核發現，臺南市政府都市發展局、農業局、經濟發展局、交通局、觀光旅遊局、楠西區公所、六甲區公所及麻豆區公所等8個機關經管之土地中有61筆遭無權占用，均經各該機關追收使用補償金，惟土地仍全部免徵地價稅，有違租稅公平原則，經通知臺南市政府及稅務局查明妥處，並請全面清查其他機關有無類此情事。
嗣經臺南市審計處追蹤後續改善結果，臺南市政府已於104年2月13日通函各機關學校，有關公用土地被占用已向土地占用人追收使用補償金者，屬減免地價稅原因事實有變更，應通報稅務局恢復課稅；另經稅務局逐一清查結果，共21個機關有追收使用補償金之土地未課徵地價稅情事，截至104年5月經補徵地價稅299筆，稅額172萬餘元，有效維護租稅公平。