審計部臺灣省雲林縣審計室(以下簡稱雲林縣審計室)查核發現，雲林縣動植物防疫所未能全面列管縣內動物飼料廠，及核實稽查其飼料添加藥物情形，經函請檢討改善，該所已全面列管縣內動物飼料廠，並實地稽查各廠產製之飼料有無添加非法藥品，及加強宣導業者正確用藥，促進畜禽產品食用安全。
雲林縣為農業大縣，截至民國(下同)103年底畜牧用地面積1,418公頃、畜牧產值310億6,224萬餘元，縣內畜牧場多毗鄰興建，採高密度飼養，易導致禽畜發生疾病時迅速蔓延。為增強禽畜抵抗力，飼料添加物已為畜牧生產事業中不可或缺的物質，惟濫用動物用藥品並添加於飼料中，將衍生畜產品藥物殘留之食安問題。依行政院農業委員會動植物防疫檢疫局之「加強動物用藥品抽查取締及宣導工作計畫」規範，縣市政府主管機關應赴動物飼料廠查核其產品有無添加非法藥品，並加強宣導使用獸醫師處方藥品等事項。雲林縣審計室查核發現，截至103年9月底止，稽徵機關之營業稅籍檔登錄雲林縣營業中之動物飼料廠計30家，而雲林縣動植物防疫所僅列管9家，尚有21家未列管，且列管者僅查核2次，又未能依上開取締及宣導工作計畫規定事項落實稽查，僅辦理宣導，經函請該所檢討改善。
嗣經雲林縣審計室追蹤雲林縣動植物防疫所改善結果，截至104年2月底止，21家漏未列管業者已逐一清查完竣，其中非營業中者14家，已通報稽徵機關釐正營業稅籍，餘7家已補登錄系統列管，並已全面稽查營業中16家飼料廠之動物用藥品使用情形，且加強辦理使用獸醫師處方藥品等正確用藥之宣導，以防範業者於飼料中濫用添加物，維護畜禽產品食用安全。