審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)調查發現，臺南市政府農業局(下稱農業局)未落實畜牧廢水防治之查核工作，亦未追蹤處理後放流水及污泥之最終流向，影響河川水質，經函請檢討改進。該局已加強查核畜牧廢水之處理作業，並輔導畜牧場將廢水處理後施灌農地，達成畜牧減污、農田節費及水質淨化之三贏成果。
臺南市政府為改善轄內主要河川水質，於民國(下同)100年5月16日成立推動河川污染整治委員會，並由農業局負責轄內各河川流域畜牧廢水之稽查、輔導及改善工作。經臺南市審計處103年2月調查發現，該局對於轄內共784家畜牧場畜牧廢水處理設施之實際使用暨運作情形、處理後廢水之處置方式等未深入稽查，難以確認處理後放流水及污泥之最終流向，影響河川水質，經函請農業局檢討改善。
嗣經臺南市審計處追蹤後續改善結果，農業局已加強畜牧廢水防治之查核工作，104年度迄7月底止，已稽查254家畜牧場廢水處理設施之使用暨運作情形，持續督導畜牧場確實淨化處理畜牧廢水，並舉辦4場污染防治教育訓練講習會，邀請專家學者針對畜牧場管理、環保法規、污染防治等議題加強宣導以提升產業形象且善盡社會責任；另積極推動田肥水清再利用計畫，已輔導轄內3家畜牧場將處理後之畜牧廢水施灌鄰近農地，估計每年施灌畜牧廢水量23,251噸，可同額減省灌溉用水抽取量，施灌面積43.47公頃，每年可減少肥料使用量13.43噸，並降低二氧化碳排放量57,081噸，同時減少畜牧場排放之污水量，避免影響河川水質，達成畜牧減污、農田節費及水質淨化之三贏成果。