審計部查核發現，行政院農業委員會（下稱農委會）推動農村再生計畫，有未提報跨域合作示範計畫，致仍以單一農村社區為實施單元，且農村再生工程之審認作業未臻嚴謹，致部分已施作完成之農村設施，或未取得土地所有權人使用同意書，或管理維護權責未明；另部分地方政府或未完成農村再生總體計畫之擬訂，或未公告，致農村社區參與培根訓練比率偏低等情，經函請農委會妥適處理，該會已制訂農村再生跨域合作與財務自償機制，建立跨域合作平台，開發工程會勘系統，訂定公共設施作業處理原則，另各市縣均已完成農村再生總體計畫核定公告作業，且各農村社區參與培根訓練及提報農村再生計畫之比率均已提升。
農委會為配合行政院愛台12建設重大政策，依據農村再生條例推動農村再生計畫，於民國（下同）100年度起編列農村再生基金，10年內分年編列預算1,500億元以推動農村活化再生、照顧我國農漁村及農漁民。經審計部查核發現，該會未提報跨域合作示範計畫送請行政院核定，致農村社區實施之各項建設及計畫均以單一農村社區為實施單元，部分農村建設工程，未經審認有無農村活化再生需要，而衍生部分農村社區道路改善工程因用地問題影響工程進度，或管理維護權責不明；另地方政府執行農村再生計畫，仍有新北市、臺中市、基隆市、苗栗縣、雲林縣、屏東縣、臺東縣及澎湖縣等8市縣之農村再生總體計畫或尚未核定、或未依規定公告，且農村社區參與培根訓練計畫比率偏低，經函請農委會妥適處理並督促地方政府加強辦理。
案經審計部追蹤改善情形，農委會已制訂農村再生跨域合作暨財務自償機制，於103年7月29日經行政院核定通過，並主動結合相關部會、地方政府等，建立跨域合作平台，及開發農村活化再生工程會勘系統（APP）輔助審認工程需求性，研訂公共設施作業處理原則，限期取得土地使用同意書及責成各社區與地方政府負責管理巡查；各市縣均已完成農村再生總體計畫核定公告作業；截至103年12月底止，全國4,232個農村社區，參與培根訓練社區數2,206個，占52.13％，完成培根訓練課程755個，占17.84％，已提報再生計畫社區數501個，占11.84％，較同年4月之2,159個、583個、395個，分別增加47個、172個及106個，各農村社區參與培根訓練及提報農村再生計畫之比率均已提升。