審計部查核發現，台灣糖業公司食品品質管理作業未臻嚴密，肇致所銷售產品品管發生闕漏情事，經函請經濟部督促改善，該公司已強化進料檢驗及品質管理機制，建置「食品安全追溯管理系統」加強原物料之溯源管理，並成立稽查小組不預警至代工廠稽查，逐步改善食品品管作業。
台灣糖業公司因砂糖產業環境變遷，已不具生產經濟效益，陸續停閉糖廠，致力於多角化經營，包括投入一般、健康保健及有機等食品之生產及銷售。惟於民國(下同)102年9月發生有機米純度不符產品標示，除違反糧食管理法遭行政院農業委員會農糧署裁處罰鍰外，亦影響有機業務經營商機。復因食品原料採購流程、驗收及品質管理機制未盡周延，同年10、11月間委外代工葡萄籽油被發現遭攙偽或自製食品添加未經許可添加物等情。經審計部調查發現，上開缺失情事肇因於小額原物料採購驗收，未訂定採樣檢驗規範，品管機制欠周延；部分單位曾發生品質管控欠周，卻未列入品管機制範圍；部分事業部業務稽核頻率偏低，產生管控闕漏，致相關產品下架回收發生損失2億餘元，影響公司商譽甚劇，經函請經濟部督促改善。
嗣經審計部追蹤改善情形，該公司已於採購契約明定廠商所提供種子或秧苗須送第三公正單位檢驗，以確認秧苗品種，及修正有機米生產管理作業規範，有機業務103年度營業收入1億1,933萬餘元，較102年度增加1,184萬餘元，約11.02％，營運績效已有提升，另該公司已建置「食品安全追溯管理系統」，以強化食品原料、添加物及供應商之溯源管理，及成立食品代工廠稽查小組不預警至代工現場稽查，並加強人員教育訓練，逐步改善品管作業。