審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府稅務局(下稱稅務局)辦理稅捐稽徵未運用業務主管機關資料，部分房地已作為工廠使用卻未課徵房屋稅或地價稅；部分工廠房屋稅減半徵收面積超出工廠實際登記面積，或廠房擴建多年惟房屋核課資料仍未釐正等情事，經函請研謀改善，該局已依法補徵稅870萬餘元，並加強房地核課資料蒐集及落實稅籍清查。
依土地稅法第18條第1項第1款規定，供工廠直接使用之土地，按千分之十計徵地價稅，但未按目的事業主管機關核定規劃使用者，不適用；房屋稅條例第15條第2項第2款規定，合法登記之工廠供直接生產使用之自有房屋，其房屋稅減半徵收。臺南市審計處查核發現部分未合法登記工廠無土地或房屋稅籍核課資料、未取得工廠登記之土地卻按工業用地稅率核課地價稅；部分工廠房屋稅減半徵收面積超出工廠實際登記面積，或廠房擴建多年房屋稅仍未依實際使用面積核課等情事，經函請稅務局查明處理。
嗣經臺南市審計處追踨改善結果，稅務局已逐筆清查優惠稅率課徵之工廠實際使用及未登記工廠各項稅捐核課情形，自民國103年11月起至民國104年3月底止已補徵房屋稅130件、地價稅61件，補徵稅額合計870萬餘元，又為加強房地核課資料蒐集，函請臺南市政府經濟發展局就列管工廠查辦情形通報該局，以落實稅籍清查作業。