審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府地政局(下稱地政局)將歷年農地重劃結餘，長期無息供市庫調度使用，經函請地政局研謀改善，市府已依臺銀活期存款利率計付利息，挹注農地重劃區工程改善經費。
地政局為增進土地有效利用，促進農村社區健全發展，自民國(下同)47至102年度，計辦理67區農地重劃，面積計50,088公頃，依農地重劃條例施行細則第36條規定，應公開標售之土地其標售或出售之地價超過補償地價部分，應作為重劃區工程改善費用，抵費地之標售及其超過抵繳工程費剩餘款之運用準用之。該局依法將抵費地及零星集中土地標售款開立專戶儲存，以支應重劃區改善工程，截至102年12月底，農地重劃結餘款計4億1,876萬餘元，惟該局依公庫法第21條規定，陸續將結餘款3億7,978萬餘元撥供市庫調度使用，惟市庫未曾計付利息，經建請地政局研謀改善。
案經臺南市審計處追蹤改善結果，臺南市政府已依臺灣銀行活期存款利率計算94至103年度利息合計617萬餘元，並於103年8月及12月匯入歷年農地重劃經費專戶，增加農地重劃區工程改善經費，有助於農地重劃區農水路之管理維護，並允於專戶需款時即予償還。