審計部臺中市審計處(下稱臺中市審計處)查核發現，前臺中縣政府(下稱前縣府，縣市合併後業務由臺中市文化資產處辦理)辦理牛罵頭遺址文化園區設置計畫，整建工程部分延宕8年餘，且完工後未通過消防安全檢查，未能達成園區開放再利用目標，經審計機關促請檢討改善，園區已整建完成並辦理教育推廣活動，提供民眾考古探索休憩文創新據點。
前縣府於民國(下同)91年將牛罵頭遺址文化園區設置計畫列入重大業務計畫及縣政白皮書4年(91至94年)分期計畫，以遺址保護維護及再利用為設置目標，計畫串聯周邊及高美濕地等觀光文化資源，成為中部最具歷史文化內涵之園區，自91至102年度編列計畫經費計7,596萬餘元，執行數5,236萬餘元。經臺中市審計處查核發現，園區整建工程分期施作且延宕8年遲未完成；第1期整建工程完工後未通過消防安全檢查，第2期整建工程消防設備圖說未完成審查即辦理發包，開工後即暫停施作並變更設計，工程進度一再延宕；主題展館舍經營管理欠缺整體規劃等，致無法達成預期目標。經臺中市審計處依審計法第69條規定，於102年1月函請臺中市市長查明妥處。
嗣經臺中市審計處追蹤臺中市政府改善情形，園區消防安全設施已於102年7月經消防局會勘合格，103年5月、12月分別完成園區館舍空間與景觀活化再利用第1、2期整建工程，103年7月開放民眾參觀，截至104年4月底止參觀人次計23,856人次，另辦理考古科學暑假體驗營等活動，計1,122人次參與，並積極改善園區軟硬體設備及活化園區，提供民眾考古探索休憩文創新據點。