審計部查核發現，行政院海岸巡防署海洋巡防總局（以下簡稱海洋總局）規劃建造配置直升機飛行甲板可供艦機組合作業之巡防救難艦，未協調內政部空中勤務總隊（以下簡稱空勤總隊）確認需求，致艦艇完工後未能符合落艦需求，另空勤總隊於巡防救難艦交船後始提出飛行甲板認證需求，影響艦機組合作業之執行並延宕作業時程等違失，經報告監察院，業由該院提案糾正海巡署、海洋總局及空勤總隊。
海洋總局為強化我國經濟海域之巡防部署，並增加大型船艦數量以提升遠航巡防能量，分別辦理「巡防艦汰換4 年計畫【民國(以下同)96至99年】」及「強化海巡編裝發展方案（99至108年）」，陸續籌建8艘配置直升機飛行甲板之巡防救難艦，計畫經費共計100億1,312萬餘元，其中飛行甲板建置費用3億2,574萬餘元。該等船艦規劃搭配空勤總隊直升機，期能藉由船艦與直升機之艦機組合作業（泛指船艦及直升機配合執行勤務之相關作業，包括直升機起落艦、艦載及相關人員訓練等），建立三度空間之立體巡防能量。
審計部查核發現，海洋總局規劃建造配置直升機飛行甲板可供艦機組合作業之巡防救難艦，未進行成本效益分析，據以評估設置之必要性，復於艦艇規劃設計及建造階段，未協調空勤總隊確認需求或協助，致艦艇完工後，未能符合空勤總隊落艦需求，影響艦機組合作業之執行；空勤總隊為艦機組合作業之重要勤務單位，惟對海洋總局建置直升機飛行甲板之相關計畫，未於計畫草案階段即明確表達有無艦載共勤之必要性，復於臺南艦及新北艦交船後，始陸續提出飛行甲板相關設施設備、認證等需求，延宕艦機組合作業時程等違失，經於103年2月14日依審計法第69條規定函請行政院查明妥處，並報告監察院。嗣經監察院於104年4月9日糾正海巡署、海洋總局及空勤總隊(詳監察院公報第2953期）。