審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，前臺南縣政府委託廠商開發永康科技工業區，計算支付之代辦費中列有非屬廠商行政作業費項目，或廠商實際未辦理該工程施工管理作業，與委託代辦計付報酬之規定未符，經函請檢討改善，已扣除該等項目之代辦費，減少公帑支出545萬餘元。
前臺南縣政府民國(下同)96年間開發設置永康科技工業區，為加速工業區開發時程，委託廠商辦理工業區開發、租售及管理作業。依合約規定，廠商負責工程規劃、施工及管理等事宜，該府應就廠商辦理上揭事宜之工程費、行政作業費及編定規劃調查費之10％計付代辦費，作為廠商辦理該工業區開發業務之報酬。臺南市審計處查核發現，列入代辦費計算之「履約保證金手續費」1,527萬餘元，非屬合約所列舉之廠商行政作業費，又撥付環境保護局辦理之「里民服務中心工程配合款」3,924萬餘元，廠商並未辦理該工程施工管理作業，該2項費用列入代辦費計算，核與委託合約規定未符，經函請臺南市政府檢討改善。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，該府業於103年6月19日及同年11月26日與廠商開會決議，依據合約有關代辦費計付規定，扣除「履約保證金手續費」及「里民服務中心工程」等2項之代辦費545萬餘元，減少公帑支出。