審計部查核發現，經濟部水利署(下稱水利署)興建八卦山旱灌地區供水設施，未依行政院核定原則成立基金及組成基金管理委員會，並督促南投縣政府積極研訂營運管理計畫與完備營運管理相關規章，導致供水設施長期閒置未用，經審計部函請檢討改善，該署業已協助南投縣政府完成營運管理計畫及相關營運規章，並逐步提升設施使用效益。
水利署為解決南投縣八卦山旱地耕作水源不足問題，於民國(下同)86間規劃自集集欄河堰引水抽蓄至灌區灌溉，並以專案方式報經行政院同意實施引水工程，原計畫經費14億餘元，主要內容為水源工程及抽蓄工程2大部分，至後續營運管理事宜，則依地方制度法權責劃分，交付南投縣政府規劃辦理，預期供應4,171公頃旱灌區用水。經審計部於95年調查發現，該署未依行政院核定原則成立基金及組成基金管理委員會，並督促南投縣政府積極研訂營運管理計畫及相關營運規章，致分別於91年6月及93年9月二度暫緩部分工程推動，延誤建設期程，爰依審計法第69條規定，於95年12月29日陳報監察院，案經該院於97年11月糾正該署。嗣經審計部追蹤查核發現，該署仍未確實督促南投縣政府訂定營運管理規章，至102年10月底，已花費13億餘元興建完成14座水池及輸水幹管等供水設施，仍有低度使用或閒置情形，再於102年12月9日函請經濟部督促研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善結果，水利署分別於102年12月17日、103年2月25日及9月12日相關會議協助南投縣政府辦理營運管理事宜，展開營運管理工作，南投縣政府亦於102年12月19日公告「南投縣八卦山旱灌灌溉用水收費標準及收取辦法」，以作為收取水費之依據，並與水井業者洽談合作事宜，以擴大灌溉面積，截至103年12月底止，供應名間鄉農民用水計120戶，及南投市農民用水計38戶，已逐步發揮供水功能。