審計部稽察發現，經濟部水利署(下稱水利署)辦理「港尾溝溪排水中游疏洪工程」，於規劃及工程設計階段未將集水區內之中洲排水納入考量，低估洪峰流量及水流沖刷潛勢，並逕予刪除渠底保護工，致堤岸甫完工未久即因雨坍塌，又於防汛初期怠忽搶險肇致災損擴大等違失，經報告監察院，業由該院提案糾正水利署。
水利署為解決臺南市仁德區長年水患問題，提出港尾溝溪中游設置疏洪道之規劃，報經行政院核定納入「易淹水地區水患治理計畫」辦理，本疏洪工程共分為6件標案，決標總金額8億8,132萬元，已於民國(下同)102年7月至103年6月間陸續完工，惟完工未久即於同年8月間因豪雨造成疏洪道坍塌約170公尺，嚴重影響防洪功能發揮。審計部稽察發現，水利署於工程規劃、設計及審核階段，均未將集水區內之中洲排水納入考量，低估洪峰流量及水流沖刷潛勢，肇致工程設施保護程度低於規劃治理標準，復未審慎評估疏洪道渠底沖刷風險，逕刪除渠底保護工之設計失當，又於防汛期間未就防汛道路塌陷及裂痕所顯露之警訊，及時因應妥適處理以抑制災情，錯失搶險時機，致使災情及公帑損失情形持續擴大，徒耗公帑8千4百萬餘元經費進行搶險，經通知經濟部查明妥處，並於103年10月17日陳報監察院，經該院調查後，於104年2月4日糾正水利署(詳監察院公報第2947期）。
嗣經審計部追蹤水利署改善結果，該署已完成該疏洪道受損部分之搶險工作，以維持疏洪功能，並重新檢討渠底保護工之設計方案，概估復建工程經費1億6,642萬餘元，現正辦理招標作業中。審計部將賡續注意後續復建工程執行情形。