行政院環境保護署為強化事業廢棄物的管理，規劃建置「事業廢棄物申報及管制系統」，指定公告一定規模之事業上網向直轄市、縣(市)主管機關申報廢棄物之清理流向，俾對事業廢棄物清理流向進行監控與稽查。我國事業廢棄物處理政策已由以往「清除處理」逐漸轉變為「資源化管理」，並以「源頭減量、回收減廢及污染預防」作為管理重點。有關事業廢棄物之再利用，內政部、財政部、經濟部、教育部、交通部、衛生福利部、科技部及行政院農業委員會等目的事業主管機關，亦已依廢棄物清理法規定訂定所管事業之事業廢棄物再利用管理辦法。惟媒體仍時有報導，不肖業者與廢棄物清除廠商勾結，任意棄置事業廢棄物，對生態環境造成嚴重污染。審計機關本於國際最高審計機關組織(INTOSAI)所揭櫫審計機關之價值與效益：「對民眾生活產生正面影響之機關」，加強辦理與民生議題相關之績效審計案件，對於廢棄物管制問題，歷年均持續監督，列為查核重點項目，並就相關缺失促請相關主管機關檢討改善，已回饋於法令及制度之修正，充分發揮審計價值。