審計部臺灣省雲林縣審計室(下稱雲林縣審計室)查核發現，雲林縣稅務局對於人民溢繳稅額案件，未能及時查明辦理退稅作業，經函請檢討改善後，該局已辦理退稅1,237件，金額420萬餘元，並將定期產製「溢繳稅額清單」以辦理退稅作業，維護納稅義務人權益。
依稅捐稽徵法第28條規定略以：納稅義務人自行適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起5年內提出具體證明，申請退還；因稅捐稽徵機關適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤，致溢繳稅款者，稅捐稽徵機關應自知有錯誤原因之日起2年內查明退還。雲林縣審計室查核發現，稅務局對於人民自民國(下同)99年1月至103年8月底止溢繳稅款之退稅案件，核有部分案件尚未辦理退稅作業，或實際退稅與應退稅金額未合等情事，經函請該局查明檢討改善，俾免影響納稅義務人權益。
嗣經雲林縣審計室追蹤雲林縣稅務局改善結果，自103年11月12日至103年12月31日止該局已查明並辦理退稅計1,237件，金額420萬餘元；嗣後將定期產製「溢繳稅額清單」，供承辦人員辦理退稅作業事宜，以維護納稅義務人權益。