審計部教育農林審計處查核發現，教育部未妥為訂定國立大學校院校務基金績效指標標準，並協助其建立績效衡量及考核制度，經函請研謀改善，該部已修正國立大學校院校務基金設置條例，明定校務基金績效報告書應於次年度公告，並經立法院三讀通過， 總統公布施行。
教育部為賦予國立大學校院財務運用自主空間，鼓勵開源節流，爰推動國立大學校院校務基金設置條例立法，並設置國立大學校院校務基金。惟該部尚未訂定校務基金績效指標項目及衡量基準，協助國立大學校院校務基金建立績效衡量指標及運作成效考核制度，各校亦未就校務基金營運、財務等面向，建立績效衡量指標及揭露校務基金運作績效。經審計部教育農林審計處於民國(下同)100年6月函請該部研謀改善。
嗣經審計部教育農林審計處追蹤教育部改善結果，該部已修正國立大學校院校務基金設置條例，增訂校務基金年度財務規劃報告書及績效報告書格式、內容及公告時間、方式等，由教育部定之，並於次年度公告校務基金績效報告書之規定，案經立法院於104年1月23日三讀通過， 總統於104年2月24日公布施行。