審計部查核發現，經濟部核能發電後端營運基金管理會（以下稱基金管理會）辦理放射性廢棄物貯存回饋金業務，未落實辦理撥款審查及派員實地查核工作，復疏於建立回饋金追蹤考核機制，間有溢付回饋金情事，經函請查明處理，已研議收回溢付款項，增訂回饋金查核注意事項，強化審核及管考機制。
該基金管理會為推動核能發電放射性廢棄物貯存工作及周邊地區居民福祉，訂有「放射性廢棄物貯存回饋要點（下稱回饋要點）」，據以辦理該項回饋金業務。經審計部查核發現，回饋要點明定回饋金收支應透過各該受補助機關之預、決算辦理，惟該基金管理會未查證受補助機關實際辦理情形，即逕以撥款，復怠於建立回饋金用途之追蹤管考機制，未落實辦理查核工作，致連續3年未查核之受補助機關占比達58.33％，間有民國（下同）101年度核一廠放射性廢棄物貯存回饋金，因核算作業疏漏溢付回饋金1,140萬元情事，經函請經濟部查明妥處並督促研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善結果，該基金管理會已於103年9月11日訂定「核能發電後端營運基金管理會放射性廢棄物貯存回饋金查核注意事項」，且規範受查核單位每3年至少查核一次，並製作數量查核表，於撥付回饋金前，加強核對相關原始資料及比對台灣電力公司與行政院原子能委員會上網資料，另於取得回饋金納入預算證明及上年度回饋金決算書資料後，再行核撥回饋金，俾強化相關審核及管考機制；至前述溢付回饋金已與新北市政府及相關公所協議自103年度起由應撥付之回饋金中扣收。