審計部臺灣省南投縣審計室(以下簡稱南投縣審計室)查核發現，南投縣政府衛生局所屬偏鄉衛生所使用衛生福利部國民健康署(以下簡稱國健署)開發之共用醫療資訊系統，管理藥品採購及使用作業，該系統管制藥品使用功能未能將藥品碼相同，惟效期不同之品項及數量分別顯示，影響民眾用藥安全，經審計機關促請檢討改善，該局已建議國健署洽請委外廠商增修系統區分不同採購批次藥品效期及數量之功能，改善庫存藥品使用及效期管制作業，維護民眾身體健康。
國健署自民國(下同)95年度起建置共用醫療資訊系統，陸續供山地離島地區偏鄉衛生所辦理藥品採購及使用管理作業。經南投縣審計室查核發現，南投縣政府衛生局所屬偏鄉衛生所採購藥品碼相同，惟效期不同之藥品資料登入該系統後，原購入藥品效期會被新購入藥品效期取代，藥品衛材庫存月報表未能依採購時間先後區分其使用量及庫存量，影響民眾用藥安全，經函請南投縣政府衛生局檢討改善。
嗣經南投縣審計室追蹤南投縣政府衛生局改善情形，該局已建議國健署洽請委外廠商增修系統區分不同採購批次藥品效期及數量之功能，並於103年12月底完成系統增修作業，明確劃分及顯示同一藥品之效期先後順序，改善庫存藥品使用及效期管制作業，維護民眾身體健康。