審計部查核發現，中央健康保險署(下稱健保署)建置健保雲端藥歷系統，使用之醫療院所仍少，且缺乏中長期推廣時程規劃，未能全面普及至各層級醫療院所使用，經函請衛生福利部督促研謀改善，該署自民國（下同）103年8月已全面開放健保雲端藥歷系統線上查詢使用權限，醫療院所運用該系統查詢之門診病患人數大幅成長，降低重複用藥及節省藥費支出，有效提升系統使用效益。
健保署為避免醫師重複處方及病人重複用藥，提升用藥安全及品質，於102年7月建置以病人為中心之「健保雲端藥歷系統」，可供醫療院所即時查詢最近3個月病人用藥明細紀錄。推動初期，由該署擇選具意願及執行能力之醫院合作試辦，並於103年推廣至區域級以上醫院使用。經審計部查核發現，至103年4月30日止，實際使用該系統之醫療院所家數423家，僅占全部特約醫療院所家數26,001家之1.63％，使用者仍少；又103年雖推廣至區域級以上醫院使用，惟缺乏後續推廣時程規劃，未能普及至各層級醫療院所使用，經函請衛生福利部督促該署研謀改善。
嗣經審計部追蹤健保署辦理結果，該署已自103年8月全面開放健保雲端藥歷系統線上查詢使用權限，至103年11月底止，使用之醫療院所已增至4,679家，院所運用藥歷系統查詢之門診病人已由103年第2季之63萬餘人，大幅成長至103年第3季之168萬餘人；103年第3季使用藥歷查詢之門診病人，平均用藥品項較102年同期減少0.17項，減省藥費支出約13億餘元，相當於每人每季減少786元藥費，降低重複用藥及節省藥費支出，有效提升系統使用效益。