審計部各地方審計處室查核轄審地方政府內部控制制度推行情形，發現部分地方政府尚未建置完整內部控制機制，經函請行政院主計總處積極輔導地方政府辦理，該總處業已採行精進作為，各市縣政府民國(下同)103年度單位預算機關實施比率已大幅提高。
我國政府內部控制之實施，原散於政府各機關辦理內部審核、政風考核、績效評核、政府採購稽核及事務管理工作檢核等單位中，亟待建構整合性的內部控制制度，敦促各機關首長重視內部控制教育，以有效達成政府施政目標。行政院為整合強化既有內部控制機制，參採審計部建議於99年底籌組成立跨部會之內部控制推動及督導小組，以推動強化政府內部控制各項作業，惟據審計部各地方審計處室調查發現，各市縣102年度單位預算機關(市、縣議會除外)818個，內部控制制度已實施者計413個，實施比率僅50.49％。經審計部函請行政院主計總處加強宣導推動並積極輔導地方政府辦理，以發揮興利防弊之功能。
嗣經行政院主計總處函復，自102年度起對地方一級主計機構年終考評作業納入強化內部控制機制相關評核項目，又為協助地方政府加強宣導推動內部控制工作，陸續派員協助地方政府宣講內部控制教育訓練課程，共計辦理21場次(截至103年12月底)，另邀請新北市及基隆市政府擔任內部控制推動示範機關，分享推動經驗及作法，並請各地方政府本權責強化內部控制機制。且經審計部各地方審計處室追蹤改善結果，截至103年12月底止，各市縣103年度單位預算機關(市、縣議會除外)824個，內部控制制度已實施者計590個，實施比率為71.60％，較102年度提升21.11個百分點。