審計部臺灣省嘉義縣審計室(以下簡稱嘉義縣審計室)於民國(下同)98年度查核發現，嘉義縣財政稅務局查定工廠廠房及自用住宅房屋稅時，間有不符規定案件，仍核予優惠稅率或自用住宅稅率計課者，經函請查明妥處。嗣經該局陸續補(開)徵房屋稅，並強化內部勾稽查核機制，另經運用電腦軟體稽核清查核課結果，累計增加稅額1億7,405萬餘元。
依房屋稅條例第5條及第15條規定略以，房屋同時作住家及非住家用者，應以實際使用面積，分別按住家用或非住家用稅率課徵房屋稅；合法登記之工廠供直接生產使用之自有房屋，其房屋稅減半徵收。經嘉義縣審計室查核發現，部分無合法登記之工廠依營業用房屋減半稅率課徵房屋稅，或實際核課營業用房屋減半稅率之廠房面積大於合法登記之工廠廠房面積；另有部分房屋有營業人設籍，惟按住家用或非住家非營業用稅率課徵房屋稅等情事，經函請嘉義縣財政稅務局查明妥處並健全勾稽查核機制。
嗣經嘉義縣審計室持續追蹤該局改善結果，該局98年度已開單補徵房屋稅2,372萬餘元，並就查獲案件陸續開徵99至103年度房屋稅計1億1,109萬餘元；又為強化內部勾稽查核機制，已於審核房屋稅採優惠稅率課徵案件時，將房屋稅籍檔案與嘉義縣政府列管之工廠登記及國稅局列管之營利事業登記等相關檔案予以交互勾稽核對，並於99至103年度分別訂定專案清查作業計畫，經運用電腦軟體篩選農業用房屋、工業區房屋、非住家及房屋稅減免等類別案件，清查核課結果，已增加稅額3,923萬餘元，增裕庫收。