審計部高雄市審計處(以下簡稱高雄市審計處)查核發現，高雄市動物保護處民國(下同)101年度辦理收容飼主不繼續飼養之寵物及寵物遺失經飼主領回犬貓等業務，未依動物保護法研議收取飼料及場所管理費用，經函請檢討改善，該處業已訂定收費標準，覈實辦理使用者付費。
依動物保護法第14條規定，動物收容處所或直轄市、縣(市)主管機關指定之場所提供服務時，得收取費用；其收費標準，由直轄市、縣(市)主管機關訂定之。高雄市審計處查核發現，高雄市動物保護處99至101年處理流浪犬結紮、捕捉、醫療、飼料、收留廳舍設備及犬屍焚化等，耗費公帑高達8,665萬餘元，其中辦理飼主因故無法繼續飼養之寵物送交收容者計1,537隻、寵物遺失經飼主領回者計604隻，惟該處卻未於飼主送交收容或領回被收容犬貓時收取飼料及場所管理費用，不符使用者付費原則，經函請該處研謀改善。
嗣經高雄市審計處追蹤高雄市動物保護處改善結果，該處已於102年6月訂定「高雄市犬貓收容及處理收費標準」，明訂收容飼主不繼續飼養犬貓每隻收費3,000元，及飼主領回被收容之犬貓自收容之日起至領回止每隻每日收費200元等收費標準，並覈實辦理使用者付費。據統計自102年實施日起至103年底止飼主因故無法繼續飼養之寵物送交收容者計286隻、寵物遺失經飼主領回者計413隻，經向飼主收取收容及處理費收入計94萬餘元。