審計部查核發現，個人持有多戶房屋出租他人供住家使用，與自住房屋適用相同之稅率，造成租稅不公，經函請財政部賦稅署研謀改善，並於民國(下同)101年度中央政府總決算審核報告揭露後，引起各界高度關注，嗣立法委員提案修正通過房屋稅條例第5條，將供自住及公益出租人使用外之其他供住家用之房屋(以下簡稱其他供住家用之房屋)稅率規定由現行1.2％至2％提高為1.5％至3.6％，業經總統於103年6月公布。
依修正前房屋稅條例第5條第1項第1款規定，住家用房屋稅率最低不得少於房屋現值1.2％，最高不得超過房屋現值2％；但自住房屋稅率為房屋現值1.2％。經審計部查核發現，99至101年個人於同一市縣內持有房屋3戶(含)以上適用住家用之房屋稅率者，平均每年約115萬餘件、稅額47億8,230萬餘元，約占平均每年總件數及核定總稅額之82％及60％，顯示個人持有房屋3戶(含)以上者，其適用住家用稅率件數高達8成。惟目前各地方政府對住家用房屋稅率均從低按1.2％稅率課徵，且未將個人持有房屋戶數之多寡，納入一併考量適用差別稅率核課，肇致持有多戶房屋者將房屋出租他人供住家使用，與自住房屋適用相同之房屋稅率，引發社會不平之鳴。經函請財政部賦稅署改善，並於101年度中央政府總決算審核報告揭露，引起各界高度關注。
嗣立法委員提案修正通過房屋稅條例第5條，並經總統於103年6月4日公布，將其他供住家用之房屋之稅率由1.2％至2％，提高為1.5％至3.6％，地方政府得視所有權人持有房屋戶數訂定差別稅率等。經追蹤各市縣「其他供住家用」房屋稅率之修正情形，截至104年1月31日止，已報請財政部備案者9市縣，其中臺北市及連江縣業依持有戶數多寡訂定2.4％至3.6％及1.6％至2％差別稅率，臺南市、苗栗縣、南投縣、雲林縣、屏東縣、臺東縣及澎湖縣等7市縣，訂定1.5％單一稅率。其餘尚未報請財政部備案之13個市縣，業促請儘速處理或賡續列管後續辦理情形(詳附表)。