審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)調查發現，臺南市新大同營造中心組織設置要點未經臺南市政府核定通過，臺南市政府民政局(下稱民政局)仍編列該中心運作經費並聘任人員辦理相關業務，經函請民政局檢討改善，已於民國(下同)104年1月1日裁撤該中心，有效精簡員額，每年節省公帑支出198萬餘元。
前臺南縣政府為整合執行「新大同社會計劃」，並因應行政院「台灣健康社區六星計畫」政策，於94年成立新大同營造中心，以協調及結合相關局處社區總體營造計畫之資源運作。99年12月25日縣市合併後民政局雖擬訂「臺南市新大同營造推動委員會設置要點」及「新大同社會營造推動委員會」草案，卻未經臺南市政府核定通過，加以社區總體營造業務已另由臺南市政府文化局設置專責單位辦理，惟民政局仍按年編列業務經費80萬元，並聘任約聘及約僱人員各1人費用118萬餘元維繫該中心運作，該中心組織與運作欠缺法源依據，經函請民政局檢討改善。
嗣經臺南市審計處追蹤後續改善情形，民政局已於104年1月1日裁撤該中心，每年編列之業務經費及人員聘僱費用合計198萬餘元，嗣後不再編列，有效精簡員額，並節省公帑支出。